Las aflatoxinas se han detectado como contaminantes naturales en un gran número de productos agrícolas, habiéndose comprobado su presencia en prácticamente todas las zonas del mundo y, en mayor o menor grado, en casi todos los alimentos de primera necesidad. Los alimentos considerados más susceptibles a esta contaminación son maíz, maní, pistacho, nuez de Brasil, semilla de algodón, la pulpa seca de coco. También se han encontrado aflatoxinas en semillas oleaginosas (como el girasol y la soja), en aceites vegetales sin refinar, en otros frutos secos (como las almendras, avellanas y nueces), en las especies (como el pimentón, el chile, la pimienta, etc.), en las frutas desecadas (como los higos secos y las pasas), en el café y el cacao, en el resto de los cereales y sus productos derivados y en los piensos.